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PubMed网站是一个广泛认可的生物医学文献检索系统，它不仅提供文献信息，还涵盖了丰富的有机小分子生物活性数据。这些数据被组织成一个化学模组数据库，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）负责维护和更新。这个数据库为研究人员提供了一个宝贵的资源，以支持他们在药物设计、化学生物学和相关领域的研究工作。

该数据库的一个显著特点是，它允许用户免费下载化合物的2D结构源文件，这些文件通常以SDF（Structure Data File）格式提供。SDF文件是一种广泛使用的化学数据格式，它包含了化合物的详细结构信息，可以被多种化学信息学软件和分子建模工具所识别和导入。这使得研究人员能够轻松地将这些化合物结构集成到他们的研究流程中，无论是进行进一步的结构分析还是进行虚拟筛选。

除了SDF格式，PubMed的化学模组数据库还提供了其他几种文件格式的下载选项，如ASN（Abstract Syntax Notation）和XML（eXtensible Markup Language）。这些格式为用户提供了更多的灵活性，以适应不同的数据处理和分析需求。ASN格式是一种用于描述数据结构的标准化语言，而XML则是一种标记语言，它允许用户自定义标签，以组织和存储数据。

此外，PubMed的化学模组数据库还提供了一个查询功能，允许用户根据特定的标准或关键词来搜索化合物。用户可以查询化合物的性质和descriptor，这些是描述化合物物理化学特性的参数，如分子量、溶解度、脂水分配系数等。这些信息对于理解化合物的生物活性和药物性质至关重要。

总的来说，PubMed网站的有机小分子生物活性数据库是一个强大的资源，它为研究人员提供了必要的数据和工具，以支持他们在化学生物学和药物设计领域的研究。通过提供多种文件格式的下载选项和查询功能，该数据库使得研究人员能够高效地获取和分析化合物数据，从而推动科学发现和创新。